در 1037 قمری در اصفهان دیده به جهان گشود. پدر وی محمدتقی مجلسی شاگرد شیخ بهائی و از علما به‌ شمار می‌رفت. مادرش فرزند صدرالدین محمد عاشوری بود.

محمد باقر مجلسی می‌گوید:

الحمدلله رب‌العالمین که در سن سه سالگی همهٔ اینها را می‌دانستم؛ یعنی خدا و نماز و بهشت و دوزخ. و نماز شب می‌کردم در مسجد صفا، و نماز صبح را به جماعت می‌کردم و اطفال را نصیحت می‌کردم به آیت و حدیث، به تعلیم پدر مرحومم.
او در زمان کمی فقه و کلام و اصول را یاد گرفت و در سیزده سالگی از ملاصدرا، اجازهٔ روایت گرفت، و نزد علامه حسنعلی شوشتری، امیرمحمد مؤمن استرآبادی، میرزای جزایری، شیخ حر عاملی، ملا محسن استرآبادی، ملا محسن فیض کاشانی، ملا صالح مازندرانی، مشغول به تحصیل شد.
مجلسی در برخورد با اصولیون و اخباریون راهی میانه برگزید. وی در پاسخ پرسش‌کنندگان خود نوشت که «مسلک فقیر در این باب بین و وسط» است. وی مانند دیگر فقهای سلف معتقد بود حکومت در صورت رعایت عدالت و رأفت، مشروع است و در صورت دور شدن از عدالت، مقبولیّت آن مخدوش می‌شود.
او در عین همکاری با حاکمان به نصیحت آن‌ها پرداخت در «عین الحیاة» فصلی را به احوال سلاطین و معاشرت نمودن با ایشان و عدل وجودشان اختصاص داد و ظلم ظالمان را مطرح کرده و شاهان و درباریان را از باده‌گساری، کبوتربازی و فساد و مخصوصاٌ لواط که در دربار صفوی بسیار رایج بوده برحذر داشت.